El 24 de diciembre de 1536, el capitán Juan de Ampudia ocupó con sus soldados un sitio llamado la loma de El Azafate, donde habitaba el cacique o yasgüén, para que el Adelantado don Sebastián de Belalcázar viniese a fundar una nueva ciudad. Después de haber sometido a los nativos, Popayán fue entonces declarada fundada el 13 de enero de 1537 por Belalcázar, quien pasaba hacia el norte de Colombia en busca del mítico tesoro de El Dorado. Belalcázar fue también el fundador de otras ciudades importantes como San Francisco de Quito y Santiago de Cali. Contrario a lo que algunas fuentes históricas sugieren, Belalcázar no fundó la ciudad de Pasto, villa que en realidad fundó uno de sus lugartenientes, Lorenzo de Aldana.
El 15 de agosto de 1537, una vez alcanzada la conquista total de Popayán, se llevó a cabo la ceremonia de fundación solemne de "la nueva villa", conservando el nombre indígena de "Popayán". La ceremonia consistió en una primera misa cantada por el presbítero García Sánchez, en un humilde templo levantado como Catedral sobre el costado sur de la futura plaza. En esta misma ocasión se instaló el primer Cabildo.
Belalcázar había dejado en enero de 1537 como su primer teniente a don Juan de Ampudia y como primer alcalde a don Pedro de Añasco, según cuenta don Juan de Castellanos en sus crónicas. Según el libro del Cabildo, para el mes de abril fueron nombrados como alcaldes ordinarios el capitán don Juan de Ampudia y Francisco García de Tovar, y los señores Francisco de Ciessa y Luis Vejarano, Bartolomé Álvarez y Martín Alonso de Angulo, como regidores; y Juan de Sepúlveda como escribano público del concejo de esta ciudad, quienes se reunieron para señalar los solares donde habrían de construir sus primeras casas los españoles que hasta entonces habitaban las chozas de los pubenenses.
En 1540, Sebastián de Belalcázar fue nombrado Primer Gobernador de Popayán. Desde ese momento se instauró el sistema político español en cada ciudad, que incluía Regidores del Cabildo, Alcaldes y Alguaciles y una participación permanente de la Iglesia a través de un clérigo o cura párroco. Belalcázar también se preocupó por dejar una huella duradera en los territorios conquistados, para lo cual trajo de España semillas de cebada, trigo,caña de azúcar, así como numerosos animales domésticos, especialmente ganado vacuno, caballar y porcino, herramientas y muchos elementos más. A Belalcázar le seguirían otros gobernadores como Gómez Serón de Moscoso , natural de Málaga, quien ocupó su cargo en 1561 y llegó a Colombia en compañía de su criado y cuñadoLuís de Zapata. Recientes estudios destacan la ascendencia judeoconversa de ambos personajes7
